JOSÉ BONIFÁCIO teve sua origem em meados da primeira década do século XX, no ano de 1906, com a construção de edificações rudimentares às margens do ribeirão CERRADÃO, tendo este lhe emprestado a primeira denominação.
O local, escolhido cuidadosamente, foi próximo ao rio, pela necessidade de água boa e pura, tendo sido chamada a sua primeira via de circulação como “Rua do Sapo”.
Este local se situa exatamente onde hoje é a Avenida 13 de Maio, mais precisamente entre as Avenidas nove de julho e Campos Sales.
Tudo começou com três cidadãos - os irmãos MANOEL CARLOS e JUSTINO RODRIGUES SANTANA doaram uma área de treze alqueires de terra para o assentamento e, juntamente com JOSÉ CRESCÊNCIO DE SOUZA formaram um núcleo habitacional.
A história tem nesses homens os seus fundadores. No dia 24 de junho deste ano fincaram um cruzeiro mais ao alto para louvar o santo que seria o seu padroeiro e que continua até hoje, São João Batista, sendo que neste dia, a todo ano, comemora-se o aniversário da cidade, durante as festas “juninas”.
Da simples categoria de Vila do Cerradão a pequena povoação foi elevada a Distrito de Paz, em 1914, pertencendo ao Município de Mirassol até o ano de 1926 quando, desmembrando-se do seu elo de ligação, transformou-se em MUNICÍPIO, tendo a denominação de JOSÉ BONIFÁCIO em homenagem ao “Patriarca da Independência” e, somente no ano de 1938 passou à categoria de Comarca.